Советские органы контрразведки, выстоявшие в жестокой схватке с немецкими спецслужбами, были разгромлены захватившей власть в стране кликой Хрущёва. Необоснованным преследованиям и гонениям подверглись многие выдающиеся деятели советской госбезопасности, такие как Берия, Меркулов, Абакумов, Мешик, Селивановский, Федотов, Фитин, Судоплатов и сотни других чекистов, внесших огромный вклад в Победу.
Хрущёва как троцкиста спецслужбы интересовали лишь постольку, поскольку они позволяли ему вмешиваться в дела других стран и служили орудием международных заговоров и политических убийств – возвращались времена Коминтерна. Ярким свидетельством тому является Карибский кризис, поставивший мир на грань ядерной войны. Контрразведчиков Хрущёв панически боялся – именно так он ориентировал своих ставленников в органах КГБ Шелепина и Семичастного. Как признается Леонид Млечин, «Никита Сергеевич требовал не только от центрального аппарата, но и от местных органов КГБ докладывать о своей работе партийным комитетам. Обкомы и крайкомы получили право заслушивать своих чекистов, они могли попросить ЦК убрать не понравившегося им руководителя управления КГБ. Хрущёв запретил проводить оперативные мероприятия в отношении партийных работников, то есть вести за ними наружное наблюдение, прослушивать их телефонные разговоры. Членов партии к негласному сотрудничеству можно было привлекать только в особых случаях. В отличие от своих предшественников и наследников Хрущёв спецслужбы не любил».
Генерал-майор Николай Владимирович Губернаторов в то время работал старшим следователем следственного отдела 6-го Управления КГБ и, по его словам, имел негативное мнение о всех трех бывших председателях – Серове, Шелепине и Семичастном, «явно случайно оказавшихся не на своем месте – по протекции Н.С. Хрущёва. <…> Шелепин, видимо, вскоре понял, что в КГБ он лавров не заработает, тем более что со стороны большинства чекистов он не ощущал ни симпатии, ни поддержки. Поэтому, обуреваемый корыстными амбициями, он при содействии своего благодетеля Н.С. Хрущёва вернулся в ЦК КПСС. При этом он добился назначения вместо себя председателем КГБ своего друга, тридцатисемилетнего комсомольца В.Е. Семичастного. Тот же в свою очередь привел в КГБ целую когорту своих приятелей комсомольцев. С лихой удалью и молодым задором он взялся за наведение порядка в инакомыслии. В работу разведки и контрразведки Семичастный не вникал, подготовкой и обновлением кадров не занимался. Многочисленные совещания, на которых Семичастный выступал с пустыми и трескучими речами, только раздражали опытных чекистов. Начались громкие провалы в разведке. А когда Светлана Аллилуева бежала в США и объявила там о публикации написанных ею мемуаров, в ЦК КПСС решили Семичастного снять».
Именно в 50-х – начале 60-х годов на путь предательства становятся высокопоставленные сотрудники ГРУ Генштаба Вооруженных сил СССР подполковник Пётр Попов, полковники Дмитрий Поляков и Олег Пеньковский. Остается на Западе нелегал подполковник Рейно Хейханен, который сдает резидента советской нелегальной разведки в США полковника Вильяма Фишера (Рудольфа Абеля). Из зарубежных резидентур уходят к противнику и перебираются в США сотрудники внешней разведки подполковник Юрий Растворов, майоры Пётр Дерябин и Анатолий Голицын. А предательство полковника польской разведки Михала Голеневского приводит к аресту в Англии советских нелегалов высочайшего уровня – Гордона Лонсдейла (полковника Конона Молодого) и Джорджа Блейка. Весной 1964 года в Женеве уходит на Запад сотрудник Второго Главка (контрразведка) КГБ при СМ СССР капитан Юрий Носенко – сын сталинского наркома и куратор Ли Харви Освальда, стрелявшего в президента США Джона Кеннеди.
